随着互联网的不断发展，网站已经成为人们获取信息和交流的主要渠道之一。对于网站的所有者来说，保护网站的知识产权显得尤为重要。而软件著作权则是保护软件和网站的重要手段之一。但是，是否可以申请软件著作权，需要根据具体情况进行判断。

首先，需要了解什么是软件著作权。软件著作权是指软件的创作者对其所创作的软件享有的法律权利。根据我国《著作权法》的规定，软件包括计算机程序及其文件、文档和用户手册等与计算机程序有关的材料。因此，如果一个网站包含了自主开发的计算机程序或是其他软件，那么就可以申请软件著作权。

其次，需要考虑网站中包含的内容是否具有原创性。根据《著作权法》的规定，软件著作权仅适用于具有原创性的软件。如果一个网站只是简单地使用了一些开源的程序和模板，那么就无法申请软件著作权。但是，如果网站拥有自主开发的程序和算法，那么就可以申请软件著作权。

此外，还需要注意申请软件著作权的时限。根据《著作权法》的规定，软件的著作权自软件完成之日起产生。因此，如果网站的软件已经完成，那么就应该尽早申请软件著作权，以保护自己的权益。

综上所述，网站是可以申请软件著作权的，但需要注意以下几点：一是网站中包含的软件必须具有原创性；二是申请软件著作权的时限不能过期；三是需要提供相关证明材料，如软件的设计文档、开发记录等。同时，为了更好地保护网站的知识产权，网站的所有者还可以采取其他措施，如申请商标注册、进行专利申请等。

总之，对于拥有自主开发软件的网站来说，申请软件著作权是非常必要的。只有通过合法的方式保护自己的知识产权，才能更好地推动互联网的发展和创新。