国家版权局是负责监督和管理版权纠纷的机构，它也是软件版权的重要管理部门，负责软件的著作权登记。有了软件著作权的保护，可以防止他人抄袭或未经授权使用软件，从而使软件开发者的创新受到保护。

然而，有时软件著作权的申请会被拒绝，主要原因是软件所申请的著作权不够符合法律规定的权利要求。这种情况通常发生在软件的设计或开发过程中存在抄袭或侵权行为，或者软件的设计或开发不符合国家版权法律的要求。此外，软件著作权申请可能会因软件本身不具备独立性、创新性或原创性而被拒绝。

因此，在申请软件著作权时，应当尽量避免抄袭或侵权行为，并确保软件的设计和开发符合国家版权法的规定。同时，软件的设计和开发应当具有足够的独立性、创新性和原创性，以保证软件著作权的申请顺利通过。否则，申请可能会被国家版权局拒绝。